古植物学研究发现云南现代的植物区系和植被的基本面貌在古近纪就已开始, 这些发现在很大程度上改变了我们以往对云南现代植被与植物区系起源和演化的认识, 需要从新的思路进行探索。本文根据古植物学发现和地质历史事件、季风气候形成, 结合我们对现代云南植物区系地理和植被的研究, 探讨了云南植被与植物区系的自然演化历程。云南的植物区系和植被有一个远古的历史, 它们的形成与演化受到新生代以来发生的地质事件和季风气候的影响。云南植物区系的地理成分构成显示它在早期具有热带起源背景和第三纪热带、亚热带东亚植物区系基础, 在后期演化上主要受热带亚洲植物区系和北温带植物区系的影响。喜马拉雅-青藏高原的隆升及伴随的地质事件, 直接影响了云南植物区系的演化, 而西南季风气候的形成与加强是云南植被面貌成型的主要影响因素, 特别对云南热带雨林植被的发育是一个直接因素。云南的热带植物区系和热带植被(干热河谷除外)呈西北–东南倾斜分布格局, 可能受到思茅–兰坪地质板块的顺时针旋转和向东南的位移, 以及缅甸北部地质板块向北位移的地质事件直接影响。云南的亚热带常绿阔叶林植物区系的分化与喜马拉雅隆升密切相关, 至少在晚中新世它们就已开始分化, 随喜马拉雅隆升和西南季风的形成和加强, 促进了它们的分异。云南干热河谷萨王纳植被(savanna)的演化则与喜马拉雅隆升产生的深切河谷及河流袭夺等地质事件密切相关, 其中的一些代表性物种显示了与印度和非洲萨王纳植被的联系。云南现存间断和残存分布的热带落叶林(热带季雨林)在上新世至更新世或之前的一个季风气候更强而导致的季节性更强或更为干旱的时期曾可能与大陆东南亚地区的热带落叶林有广泛的联系。云南的硬叶常绿阔叶林则是随喜马拉雅隆升而演化的以我国西南地区特有硬叶栎类树种为特征的一类硬叶常绿阔叶林, 它们是从原先的热带-亚热带常绿阔叶林中演化产生的一类古地中海渊缘的植被。因此, 地质历史事件真实影响了云南的植物区系形成与演化, 伴随的西南季风气候的形成与加强则是影响云南植被, 特别是热带雨林发生和演化的主要因素。