百果园占地90亩，按柚子、芒果、香（芭）蕉品种、饮料植物等进行分区布置。收集保存有柚子、芒果、香（芭）蕉品种及热带著名的水果莽吉柿、榔色果、红毛丹、龙眼、荔枝、油梨、番木瓜等，以及饮料植物可可、可拉和部分野生果树共641种（品种）。
芸香科柑橘属（Citrus）植物全世界约20种，我国有15种，我园柚子品种园保存有14种约54个品种，占地面积8亩。收集有世界四大名柚文旦柚、坪山柚、沙田柚、暹罗柚。还收集有强德勒柚、官溪蜜柚、龙都早香柚、北碚蜜柚及本地优良早熟品种东试早等。沙田柚为我国传统名柚之一，已有200多年的栽培史。强德勒柚又名强德勒红心柚，是目前推广最好的红心柚品种。龙都早香柚为柚中之珍品，于1998年在全国柚类评比中荣获金杯奖。东试早是本地优良早熟品种，为热带、亚热带的主要果树之一。收集的枸橼及其变种佛手柑是有名的药用植物。
芒果为著名的热带水果，具有特殊的风味和较高的营养价值，深受人们的喜爱，享有“热带水果之王”的称号。芒果是世界上第五大水果，第二大热带水果。版纳植物园从建园之初就开始收集世界各地的芒果品种，现已收集栽培5种156品种，占地23亩，是国内芒果品种收集最多的地方。其中金煌芒、象牙芒、泰国青皮芒等品种经引种、试种、推广，已为西双版纳的经济建设作出了贡献。
香（芭）蕉品种园，始建于2002年，占地19亩，收集栽培香（芭）蕉属植物9种、66个品种。其中河口小香蕉、象明小香蕉等具有特殊性状的乡土品种在原产地已难以寻到。该园保存的香（芭）蕉资源将成为重要的育种材料。
