昆明分部办公室是昆明分部综合管理与后勤保障的职能部门（含学府路、西南实验室和茨坝等园区）。该部门负责昆明分部文书、综合档案管理和办公用房的使用管理与分配；负责分部的园区规划、小型基建与零星修缮；承担昆明分部安全保卫、车辆服务、水电供给、流动人员公寓、园区绿化、物业、户籍、职工子女入学等后勤保障工作；负责与系统内相关单位、地方有关部门联系；承担园大型仪器设备与物资器材的采购供应、固定资产管理等；统筹协调分部其他行政管理部门、云南省生态学会开展工作。完成园领导交办的其他工作。
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